Su orografía es principalmente montañosa, conformada por los Montes Vascos y la imponente Sierra Cantabria en el sur, con el Toloño como máxima altitud, las estribaciones del Pirineo llegan de Navarra. El punto más alto del País Vasco es el monte Aitxuri (1.551 m.) en el Parque Natural de Aizcorri.
En Euskadi se pueden distinguir a grandes rasgos cuatro zonas climáticas: la vertiente atlántica al norte, una zona de clima subatlántico (Valles Occidentales de Álava y la Llanada Alavesa), una zona de clima submediterráneo y, el extremo sur, entrando en la depresión del Ebro y Rioja Alavesa, donde se pasa ya a un clima con verano claramente seco y caluroso de tipo continental.